第二波臺灣新閣重要人事定案，最惹人注意的陸委會主委，以其是負責對大陸政策的主管，在李登輝時代，該會才開始設立。首由施啟揚、馬英九任正、副主委。不久施啟揚去職，李登輝不以馬英九升正，另調黃昆輝出任。可見施只是過渡時期，也不見得信任馬。黃昆輝後來出任「臺聯」主席，可見委黃以心腹。馬英九這次任命原屬「臺聯」立委賴幸媛，引起臺灣朝野大為震驚。大陸臺商尤為恐慌。

藍、綠都指賴為「變色龍」，揆諸過去的事實，賴的善變也頗令人擔心。加上李、黃兩人放話，對馬這次的人事任命，產生許多疑慮。其中企業家曹興誠的質疑，頗具邏輯。馬英九當不會掉以輕心。

馬英九多次為此澄清：一、未來大陸政策的大方向由他親自設定。二、沒有所謂「李登輝路線」，只有「馬英九路線」。三、黃昆輝向他建議：多談「各自表述，少談九二共識」。但馬澄清說：「並沒有同意」。黃取巧落空。賴招待記者也聲言是執行馬的大陸政策，事前還親訪「海基會」江丙坤。這些動作，引起民進黨立法委員黨團負責人蔡煌瑯的不滿，直指賴投降了，要在立法院等著修理她。由此可知，馬對賴是可以掌控的。新閣上任在即，很快就見正章。這一大風波，非馬英九始料所及。